Próbowałeś usuwać folder .kde ?
Nie, jedyną moją reakcją było przeinstalowanie pakietu k3b, a ponieważ nic to nie dało próbuję się Was poradzić.
Dziwna sytuacja gdyż dotąd mieszanie środowisk nie sprawiało mi takich niespodzianek.
Mam obecnie na dysku 2 systemy gnome:
1) Mint 8 (system plików ext3)
2) Mint 9.RC ext4
Ta starsza wersja działa bez zakłóceń z programem k3b. Systemy plików chyba? nie mają wpływu. Nie wiem...
[Rozwiązane] 20.05.2010 
Problem był prosty lecz z braku czasu nie wgłębiałem się w niego. Dzisiaj odpaliłem sobie k3b z terminala i od razu rzuciło się w oczy:
/home/marek/.kde permission denied
i rzeczywiście instalator k3b stworzył mi w moim kat.dom. powyższy katalog na uprawnieniach root! To blokowało uruchamianie programu. Odkręcenie było już banalnie prostą czynnością. Tak więc temat uważam za rozwiązany i przepraszam za niepotrzebne zamieszanie.
