W tym
http://forum.linuxmint.pl/index.php/topic,193.0.html temacie ktoś pytał jak to zrobić. Nie wiem czy to jeszcze aktualne, a sam temat jest zablokowany, ale znalazłem rozwiązanie

Całość w oryginale tutaj:
http://ubuntu-tutorials.com/2007/07/26/turning-off-the-system-hardware-beep-linux-tutorial/W skrócie:
jako sudo edytujemy plik /etc/modprobe.d/blacklist , czyli
sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist
i dopisujemy tam linijkę
blacklist pcspkr
Można te dźwięki wyłączyć też ręcznie
sudo modprobe -r pcspkr
a tak można je włączyć ponownie
sudo modprobe pcspkr
Jeśli w złym dziale to proszę o przeniesienie