Zainstaluj padevchooser w Synapticu albo w konsoli / terminalu wpisz po prostu:
sudo apt-get install padevchooser
Uruchom go, w trayu pojawi się nowa ikonka, prawym przyciskiem wybierz Volume Control, na pierwszej zakładce Odtwarzanie będziesz miał listę aplikacji, które aktualnie coś odtwarzają, przy każdej z nich będzie do wyboru urządzenie przez które jest odtwarzany dźwięk. Podejrzewam, że w twoim przypadku wybrane jest inne urządzenie (np. karta graficzna z dekoderem dźwięku) a nie twoja karta dźwiękowa. Zmień urządzenie i powinno być ok.