Jeżeli wejdę na Konfigurację Klawiatury jako root tak jak podałeś, to jest dobrze ustawione. Natomiast zmienia się w moim koncie po restarcie.
Potwierdzam, ale niestety mam to samo!
Żaden sposób zamieszczony w tym wątku u mnie nie zadziałał na stałe. Obojętne czy ustawiam klawiaturę jako root czy jako zwykły user, od momentu restartu jest źle. Analogia "dnia świstaka".

Czasem po restarcie pojawia się klawiatura irlandzka lecz przeważnie jest polska bez ogonków. Muszę ją usunąć i dodać ponownie wtedy jest OK, na czas sesji.
Macie jakiś pomysł?
<Edycja>Może to głupie i bez sensu, ale pomogło. Otóż wylogowałem się i powtórnie zalogowałem z wyborem sesji gnome i teraz już trzeci restart, i jest dobrze.

Nie chcę chwalić dnia przed zachodem, ale na razie jest OK.
Podobny problem z powracającymi usługami lub samoczynnie uruchamiającym się np. programem uprzykrzał mi życie w Mint xfce. Można było wyłączać kasować i nic to nie dawało, po restarcie następował powrót. Jedyną radą było właśnie wylogowanie i ponownie zalogowanie się z wyborem konkretnej sesji, a nie domyślnie poprzedniej! Ta analogia zadziałała i w tym przypadku. Na szczęście, bo sam już zwątpiłem co jest tu grane?
Mam ustawiony autostart systemu bez logowania więc widocznie kolejny start przywraca ustawienia domyślne z poprzedniej sesji. Chociaż po dokonanych zmianach, a tym bardziej z uprawnieniami root nie powinno mieć miejsca.
Te niedomagania z wyborem klawiatury pojawiły się u mnie niedawno więc podejrzewam, że przyszły z którąś aktualizacją.

Trzeba będzie poczekać na poprawkę.